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Las obras de Josefo eran estimadas y leídas en los círculos cristianos. Para ellos representaba el modelo de historiador. Eusebio de Cesarea, fundador de la historia cristiana, basa su cronología en la de Josefo. En la Edad Media fue el autor más leído de la antigüedad y también de la Reforma.

En la primera parte usa la versión griega del Antiguo Testamento conocida como la Septuaginta y aporta datos de las tradiciones vivas entre los judíos de su época.

En la segunda parte se vale de material de otros historiadores como: Herodoto para la historia de Ciro o de fuentes griegas perdidas, en especial la obra de Nicolás Damasco. Aporta datos del periodo herodiano, detalles sobre la familia de Herodes, el gobierno de Poncio Pilato, la arquitectura del Templo restaurado, el carácter de los sumos sacerdotes de Jerusalén durante los periodos helenístico y romano. Incluye fechas contrastadas por otras fuentes, y cita documentos auténticos que confirman y complementan la narrativa bíblica.

Su obra muestra que Josefo tenía una mente crítica y que no copiaba sin más a sus fuentes, sino que las rehacía y las acomodaba dentro de su relato a la luz de sus conocimientos. Son valiosos los documentos relativos a la posición legal de los judíos en el Imperio romano. Este trabajo representa la mayor labor de investigación sistemática de archivo que ofrece el mundo antiguo.

Josefo sigue siendo la principal fuente escrita que disponemos, pese al descubrimiento moderno de los documentos de Qumrán y Mar Muerto.